Afera w krakowskim oddziale NFZ wyszła na jaw w maju. Grupa lekarzy z niepublicznych ZOZ-ów podpisywała słone kontrakty - refundowane z kasy NFZ - na specjalistyczne zabiegi, których nigdy nie wykonywano. Lekarze wpisywali dane do kartotek pacjentów, którzy o niczym nie mieli pojęcia. Pracownicy poszczególnych niepublicznych ZOZ-ów, biorący udział w przestępstwie wymieniali się danymi swoich pacjentów. Ich kartoteki zapełniały się fikcyjnymi zabiegami: zdrowy człowiek stawał się w ich świetle chory. W ten sposób za fikcyjne zabiegi lekarze dostawali pieniądze z NFZ. W procederze pomagał wspólnik z NFZ, który dbał o to, by nikt nie skontrolował kartotek. W razie jakiegokolwiek przecieku albo wpadki miał zniszczyć twarde dyski komputerów, na których zapisane były wszystkie sfałszowane dane – dowód przestępstwa. O kontrolę – jak się okazało – nie musiał się martwić. Nikomu w NFZ nie przyszła do głowy. Przeciek jednak nastąpił. Ale na szczęście nikt z oszustów się o nim nie dowiedział. Dziennikarze TVN i „Newsweka” w największej dyskrecji, od kwietnia w prowadzili śledztwo w krakowskich ZOZ-ach i NFZ. Pod koniec swojego śledztwa dziennikarze zdecydowali się na ujawnienie jego wyników krakowskiej Prokuraturze Apelacyjnej i ABW. Materiał zgromadzony przez dziennikarzy w dużej mierze przyczynił się do wydania decyzji o aresztowaniu prowodyrów przestępstwa. 27 maja ABW zatrzymała cztery osoby, w tym lekarza, który był organizatorem procederu, i informatyka z NFZ. Dyrektor Małopolskiego Oddziału NFZ, na zwołanej dwa dni później konferencji prasowej, wygłosił oświadczenie, że nie czuje się odpowiedzialny za podległych mu pracowników, a wręcz czuje się poszkodowanym w sprawie. Na pytanie, dlaczego NFZ nie zareagował, gdy w marcu 2004 r. dostał pierwsze sygnały o przestępstwie, nie potrafił odpowiedzieć ani on, ani dyrektor Biura Dyrekcji Małopolskiego Oddziału NFZ. Okazało się, że brak reakcji urzędnika Funduszu miał swoje konkretne przyczyny. Po tygodniu od pierwszych aresztowań zatrzymano koleje dwie osoby: lekarza i dyrektora Biura Dyrekcji Małopolskiego Oddziału NFZ, obecnego na konferencji prasowej. Postawiono mu zarzut przyjęcia korzyści majątkowych. W przestępstwo zamieszany był wysoki urzędnik krakowskiego oddziału Funduszu. Dyrektor oddziału NFZ nie chciał odpowiadać na żadne pytania i odmówił podania się do dymisji. Jednak szybko zmienił zdanie i 11 czerwca ogłosił, że odchodzi ze stanowiska. Zastąpił go jego dotychczasowy zastępca. Nowy szef zapowiedział, że chce małopolskiemu NFZ przywrócić dobre imię i uczynić jego strukturę przejrzystą. Ale i on 23 lipca został zatrzymany przez policję. Razem z nim policja zatrzymała też lekarzy – tym razem z Rabki i Limanowej. Potwierdziło się to, co twierdzili dziennikarze TVN – lekarska ośmiornica obejmowała teren całego województwa, a zaplątane w nią były osoby z kierownictwa oddziału NFZ. Śledztwo w sprawie afery trwa nadal.