To był najtrudniejszy moment w życiu wybitnego neurochirurga, znanego w kraju i na świecie. W sierpniu 2007 roku w jego domu pojawili się agenci CBA i żandarmeria wojskowa. Został oskarżony o branie łapówek i wystawianie fałszywych dokumentów groźnym przestępcom. Odebrano mu paszport, zakazano wyjazdów z kraju. Nie został aresztowany. - Zrobiłem wszystko, żeby to z pamięci wyrzucić. To jest perfidny numer, nie wiem przez kogo uknuty, ale wiem przez kogo wykonany – przez aparatczyków pana Kamińskiego. Złamać mnie nie złamali, ale mnie upokorzyli – mówi prof. Jan Podgórski, neurochirurg. Mimo starań agentów CBA i przesłuchaniu wielu współpracowników oraz pacjentów, profesora Podgórskiego, dwa niezawisłe sądy nie dały wiary dowodom oskarżenia. Najpierw sąd wojskowy, a potem Sąd Najwyższy uniewinniły profesora z postawionych mu zarzutów. Po blisko czterech latach walki o dobre imię, profesor Podgórski mógł z podniesionym czołem wrócić do pacjentów. - Kilka osób dzieliło się przed sądem informacjami, że były wywierane na nich naciski, żeby obciążyć profesora Podgórskiego – mówi mecenas Marian Hilarowicz, obrońca prof. Podgórskiego. - Zaproponowano mi współpracę w zakresie wręczenia kontrolowanej łapówki. W zamian za obciążenie profesora, miałem zostać zwolniony z tymczasowego aresztu – dodaje Paweł Kulczyński. Praca, walka o zdrowie pacjentów to najważniejsza rzecz w życiu profesora. Wśród chorych spędza niemal całe dnie. Operuje, konsultuje chorych w kilku szpitalach i przychodniach. I tak jest już od lat. Jak sam mówi, to dzięki pracy mógł oderwać się od kłopotów i zapomnieć o postawionych mu zarzutach. Pacjenci bez względu na toczący się proces nigdy nie opuścili profesora. Dla nich był i pozostał wybitnym lekarzem. - Praca to dla mnie balsam, treść mojego życia – przyznaje profesor Podgórski. Profesor Jan Podgórski nadal pracuje w centralnym Szpitalu Klinicznym MON w Warszawie. Prawdopodobnie za namową obecnego ministra Obrony Narodowej ponownie założy mundur i generalska czapkę. Profesor ma tylko jeden warunek, nadal chce być czynnym, operującym lekarzem.